Jedno od često postavljanih pitanja vezano za fiskalizaciju je jesu li neprofitne organizacije (ustanove poput vrtića, škola i fakulteta; udruge poput rukometnih klubova, udruga branitelja i slično te ostale slične pravne osobe) obveznici fiskalizacije.
Za odgovor na to pitanje potrebno je prvo podsjetiti se što je fiskalizacija i zbog čega je uspostavljen sustav fiskalizacije.
Fiskalizacija je skup mjera koju provode obveznici fiskalizacije kako bi putem Internet veze Poreznoj upravi omogućili efikasniji nadzor ostvarenog prometa u gotovini.
Potrebno je fiskalizirati svaki račun za isporučena dobra ili obavljene usluge koji je plaćen gotovinom (novčanicama ili kovanicama koje se smatraju platežnim sredstvom), karticama, čekom ili drugim sličnim načinima plaćanja, osim plaćanja na transakcijski račun kod banaka (virmanom), ako Zakonom o fiskalizaciji drukčije nije uređeno.
Neprofitne organizacije načelno nisu obveznici fiskalizacije. No neprofitne organizacije koje obavljaju gospodarske djelatnosti i po toj su osnovi obveznici poreza na dobitak, ulaskom u sustav poreza na dobitak postaju i obveznicima fiskalizacije.
Neprofitne organizacije koje jesu obveznici fiskalizacije dužni su provoditi sve radnje kao i ostali obveznici fiskalizacije. Svi obveznici fiskalizacije za potrebe fiskalizacije moraju prilagoditi sadržaj računa te način numeriranja broja računa, donijeti interni akt o poslovnicama uz određivanje pravila numeriranja (interni akt ne donosi se u Poreznu upravu već se zadržava u službenim prostorijama obveznika fiskalizacije) te istaknuti upozoravajuću naljepnicu o uzimanju/izdavanju računa.
Od ovih obveznika fiskalizacije samo oni koji naplaćuju račune sredstvima koja se smatraju gotovinom, provode i postupak fiskalizacije izdavanja računa, za što moraju nabaviti ili prilagoditi naplatne uređaje te izdavati račune putem prilagođenih naplatnih uređaja.